Sistemske in tematske analize, ki jih pripravlja agencija, črpajo iz izsledkov strokovnega dela agencije in ponujajo podroben uvid v kakovost visokega in višjega šolstva v Sloveniji.
Deseta obletnica Nacionalne agencije Republike Slovenije za kakovost v visokem šolstvu: Zbornik razprav o zvezah evropskih univerz – univerzah prihodnosti (NAKVIS, 16. 10. 2020)
Zbornik razprav o kakovosti v visokem šolstvu : Od minimalnih standardov k odličnosti (NAKVIS, 7. 5. 2019)
Mnenje deležnikov o zunanjem zagotavljanju kakovosti v 2019 (november 2019)
Zadovoljstvo deležnikov z obiski na daljavo (september 2020)
Kakovost kadrov v slovenskem visokem šolstvu v letih od 2014 do 2017 (oktober 2018)
Kakovost v slovenskem visokošolskem in višješolskem prostoru v letih od 2014 do 2017 (februar 2018)
Poročilo o napredku: Krepitev neodvisnosti agencij za kakovost v visokem šolstvu (november 2020)
Vprašalnik: Indikatorji neodvisnosti pri agencijah za kakovost v visokem šolstvu (november 2020)
Smernice za dostopnost v terciarnem izobraževanju v Republiki Sloveniji (Svet NAKVIS, 20. 4. 2017)
Priporočila NAKVIS visokošolskim zavodom v času uvedbe izrednih razmer, povezanih s pandemijo covid-19 (Direktor NAKVIS, 24. 4. 2020)
Smernice za izvedbo evalvacijskega obiska na daljavo (Svet NAKVIS, 21. 5. 2020, posodobljeno 17. 9. 2020)
Vodnik po zunanjih presojah NAKVIS (Dopolnjen osnutek) (14. 10. 2021)
Metodologija in postopek za pripravo in diseminacijo sistemskih ter tematskih analiz (september 2020)
