Sistemske in tematske analize, ki jih pripravlja agencija, črpajo iz izsledkov strokovnega dela agencije in ponujajo podroben uvid v kakovost visokega in višjega šolstva v Sloveniji.
Zbornik razprav o kakovosti v visokem šolstvu : Od minimalnih standardov k odličnosti (NAKVIS, 7. 5. 2019)
Mnenje deležnikov o zunanjem zagotavljanju kakovosti v 2019 (november 2019)
Kakovost kadrov v slovenskem visokem šolstvu v letih od 2014 do 2017 (oktober 2018)
Kakovost v slovenskem visokošolskem in višješolskem prostoru v letih od 2014 do 2017 (februar 2018)
Smernice za dostopnost v terciarnem izobraževanju v Republiki Sloveniji (Svet NAKVIS, 20. 4. 2017)
Priporočila NAKVIS visokošolskim zavodom v času uvedbe izrednih razmer, povezanih s pandemijo covid-19 (Direktor NAKVIS, 24. 4. 2020)
Smernice za izvedbo evalvacijskega obiska na daljavo (Svet NAKVIS, 21. 5. 2020)
Metodologija in postopek za pripravo in diseminacijo sistemskih ter tematskih analiz (november 2020)
